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故事情節(jié)按時間順序展開：

五年前（二代Act 1），在法國比利牛斯山脈的某個峰頂，發(fā)生了一起人質(zhì)事件，涉及一個通訊站。Bishop率領(lǐng)Bravo Team參與了這次行動，當(dāng)時隊伍中還有Logan和Gabrial。在營救人質(zhì)的過程中，Gabrial因急于表現(xiàn)，沒有按命令行事，擅自開火，導(dǎo)致談判專家被誤殺。Bishop當(dāng)時并未對Gabrial進行嚴(yán)厲責(zé)備，只是表示等行動結(jié)束后再處理。在隨后追擊恐怖分子的過程中，Bishop指揮Gabrial拆彈，然而卻遭到恐怖分子的伏擊，Gabrial受傷，幸好Alpha Team及時趕到，徹底消滅了敵人。此事件后，盡管Gabrial未受到嚴(yán)厲懲罰，但他開始對Bishop和Logan心生懷疑和敵意。

五年后（二代Act 2），由Miguel Cabreros和Alvarez Cabreros兄弟領(lǐng)導(dǎo)的恐怖分子襲擊了拉斯維加斯。由于他們掌握著化學(xué)武器，R6在危機中請出已退居二線任教官的Bishop出山，率領(lǐng)Bravo Team的Michael（黑人）和Jung（韓裔）對抗恐怖分子。據(jù)悉，這伙恐怖分子與另一伙由女匪Irena領(lǐng)導(dǎo)的恐怖組織有聯(lián)系，因此R6也派出了由Logan、Gabrial、Kan組成的Alpha Team前往墨西哥邊境追擊Irena的團隊（一代ACT 1）。

Bishop成功指揮Bravo Team打擊了以Cabreros兄弟為首的恐怖組織，擊斃了Miguel Cabreros（在廢棄工廠被擊斃的白衣男子）。與此同時，Logan等人在墨西哥邊境遭遇困境，因行動暴露落入Irena的陷阱，Gabrial和Kan被俘，Logan獨自逃脫。逃出后，Logan意識到隊伍中可能有內(nèi)鬼，但一時并未察覺到是Gabrial早已與Irena和Cabreros兄弟勾結(jié)，被俘只是他的計謀。Logan急于救回隊友，被告知Irena一伙已經(jīng)返回Vegas進行恐怖活動，只得立即趕往Vegas。

在元素劇院排除炸彈后，Bishop接到離隊命令（二代中Act 5結(jié)尾），而Michael和Jung則留下待命。不久后，Logan趕到，臨時接管了他們的指揮權(quán)（一代Act 2）。剛登上直升機時，內(nèi)鬼Gabrial出現(xiàn)。此時，Gabrial已隨Irena到達Vegas，為除掉Bishop，他偽裝成NSA特工登上飛機，聲稱知道另一名Cabreros兄弟的下落，故意將孤身一人的Bishop引至內(nèi)華達沙漠的一家煉油廠。在煉油廠，Gabrial故意觸發(fā)火警警報并設(shè)下埋伏，假裝讓Bishop前往控制室關(guān)閉警報，試圖將其除掉（即煉油廠那關(guān)關(guān)閉警報后遭到攻擊的場景）。然而，Bishop成功躲過陷阱并消滅了所有恐怖分子，追蹤至工廠的停機庫。這才發(fā)現(xiàn)所謂的NSA特工是Gabrial假扮的，并目睹了Gabrial與Cabreros兄弟中的另一人發(fā)生爭執(zhí)，隨后Gabrial將其槍殺。恐怖分子發(fā)現(xiàn)了Bishop，機庫發(fā)生爆炸，Bishop在昏迷中被趕來的隊友營救，而Gabrial則逃脫。

在Vegas方面（一代劇情），Logan帶領(lǐng)Michael和Young逐步挫敗了Irena的計劃。不幸的是，在營救Kan的過程中，Kan被殺。內(nèi)鬼Gabrial從煉油廠逃出后，再次設(shè)局，假裝被Logan救出并重新回到R6。在清理完Vegas的殘余敵人后，Logan等人得知Irena的真正目標(biāo)是內(nèi)華達州水庫的大壩，攻擊Vegas只是為了分散R6和國民警衛(wèi)隊的注意力。Logan等人隨即趕往水庫大壩，并在大壩的戰(zhàn)斗中擊斃了Irena，成功阻止了恐怖分子發(fā)射導(dǎo)彈的陰謀。然而，此時仍在直升機上的內(nèi)鬼Gabrial擊傷了駕駛員，帶著聯(lián)絡(luò)員MM駕駛直升機逃跑，Logan等人只能眼睜睜看著內(nèi)鬼逃脫（一代劇情結(jié)束）。

（二代Act 7）大壩戰(zhàn)斗結(jié)束數(shù)小時后（劇情字幕有標(biāo)明，我已不記得具體時間），Bishop查明內(nèi)鬼Gabrial藏身于波多黎各的一所豪宅。在未獲R6總部批準(zhǔn)的情況下，Bishop率領(lǐng)Bravo Team直接前往Gabrial的藏身地。在那里，他們清除了Gabrial的所有幫兇，并遇到了趕來增援的Logan。最后，Gabrial召來武裝直升機試圖置Bishop于死地，Bishop在隊友的協(xié)助下，成功引導(dǎo)導(dǎo)彈摧毀了武裝直升機。走投無路的Gabrial終于向Bishop吐露心聲，原來他的叛變是早有計劃的，源于五年前的人質(zhì)事件。最后，Gabrial試圖殺死Bishop，但在掏槍時被經(jīng)驗豐富的Bishop擊斃。結(jié)尾，R6總部并未因Bishop的擅自行動而對其懲罰，相反，Bishop將再次離開一線戰(zhàn)斗隊伍，進入R6總部從事幕后指揮工作（二代劇情結(jié)束）。