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游戲開始時，NEO處于一個虛擬空間，敵人會不停地出現(xiàn)。這個階段實際上是讓玩家熟悉操作，只有當你被打敗后，游戲才正式開始。（注意：此時電腦會根據(jù)玩家的表現(xiàn)評估適合的游戲難度。）

第一關

和電影的情節(jié)一樣，第一關講述特工抓捕NEO的故事。這一關類似于MGS的潛入關卡，不需要擊殺敵人。根據(jù)游戲中的提示（畫面上會有閃光的地方）前進，進入一個辦公室，通過窗戶來到外面，乘坐升降機上樓。當升降機停下后，會觸發(fā)一段小劇情。劇情結束后，出現(xiàn)一個警察，把他推下樓，然后沿著墻邊繼續(xù)走，小心不要掉下去。繼續(xù)乘升降機到樓頂，會遇到很多警察，把他們推倒，然后迅速進入門內。大家需要注意，一旦被警察抓住，立即按鍵掙脫，動作慢了就會GAMEOVER。進入門后，沿樓梯一直往下走，到達一個房間，這里有3個警察，小心不要被抓住，從房間右邊的緊急出口向下跑，來到NEO的辦公室，繼續(xù)跟隨提示跑到終點，第一關結束。

PS：這一關設計得相對人性化，對于不擅長潛入類型的玩家，被抓一次后可以直接跳過此關。

第二關

從這一關開始，接下來的幾關都講述NEO如何學習武功。雖然在電影里NEO只是翻了幾下白眼就說（I KNOW GONGFU），但在游戲中，制作者將NEO學習功夫的過程以關卡的形式詳細呈現(xiàn)給大家。這一關開始時，NEO以DOA中"李劍"的裝扮華麗登場，連打人的動作都很相似。根據(jù)游戲的教學提示一路擊殺敵人，沒有分支，一直打到最后就是BOSS戰(zhàn)。

BOSS戰(zhàn)：非常簡單，繞到后面，發(fā)動FORCE，三招就能解決，不過要小心不要被抓住。解決他后，這一關結束。

PS：從這一關開始，每關開始前都會讓玩家選擇FORCE，選擇時可以按X鍵查看這個FORCE的功能和發(fā)動方法，并配有動畫演示。

第三關

這一關是教玩家如何使用格斗武器，玩家一開始就有一把日本刀，并且會得到新的FORCE。根據(jù)教學提示，消滅這一關的敵人即可。

第4關

一開始就迎接BOSS戰(zhàn)，BOSS是一個日本武士，擅長刀法。多運用剛學會的FORCE技能，戰(zhàn)斗一會兒后，催尼締會來協(xié)助。BOSS會使用影分身術，但分身不強，兩人合作可輕松解決。然后進入下半部分，起初是在一個庭院，要沖過去擊敗幾個敵人后進入房間，房間里有BOSS，但暫時無法殺掉他。跟隨他前進，路上他會放置火墻，使用FORCE并按X鍵可跳過。沿途有小兵騷擾，全部消滅后，進入最深處的房間迎戰(zhàn)BOSS。這次的BOSS是個BC，沒有特定打法，大家可以隨意處置他。

第5關

這關非常搞笑，場景設在一個中國的小酒館里，任務是在限定時間內盡量獲得高分。緊接著EG開始，一群斧頭幫成員從門外沖進來（形象與某電影中相似），還喊著"我要宰了你"（絕對中文發(fā)音）。拿起旁邊的斧頭，與他們對砍，只需堅持到時間結束即可過關。注意后面會出現(xiàn)投擲飛斧的敵人，要小心應對。

第6關

這一關也是教學關，但只能使用射擊武器。場景仍然在中國，BOSS一開始就出現(xiàn)，但暫時無法擊殺。跟隨他在整棟樓內跑幾次，最終到達頂樓才能消滅他。本關的敵人都持有槍械且火力強大，多使用FORCE來躲避子彈。對付BOSS時，先清理掉周圍的小兵，如果你的HP還剩下一半以上，就可以和BOSS硬拼。

第7關

終于來到電影中最精彩的情節(jié)之一：摩非斯對戰(zhàn)NEO。摩非斯的攻擊力很強，被他連續(xù)攻擊不是鬧著玩的。運用戰(zhàn)術能快速解決他，第一次打敗他后，他會再次恢復滿血并與你再戰(zhàn)，同時會給你新的FORCE。再次擊敗他后，進入下半部分，你需要比他先到達電話所在的位置。途中需要跳過幾個坑，還要攀爬，使用FORCE加跳躍可以輕松通過。難點在最后的一面墻，這面墻很高，即使FORCE的兩段條也不夠，必須先貼著右邊或左邊跑，先跳到正面墻上，然后再跳到旁邊的墻上，如此反復三次即可。

第8關

這關游戲才真正開始，摩非斯帶NEO去見先知，返回途中遭遇包圍。一開始NEO就與隊友分開，獲得新的FORCE可以摧毀有裂縫的墻。這關像迷宮一樣，大家要多留意墻壁，看到裂縫就打破以開啟新的路徑。路上的敵人全是持槍警察，如何對付他們隨玩家選擇，個人推薦近身搏斗。

到達頂樓時，劇情展開：摩非斯為了讓大家撤退而與特工對峙，NEO帶領大家逃跑。途中擊倒出現(xiàn)的警察后，根據(jù)催尼締的指示安放C4炸彈并進行引爆。當NEO在第二根柱子上安放好炸彈時，突然與團隊分開，這時千萬不能引爆炸彈，否則會自取滅亡。等待同伴交代完事情后，劇情繼續(xù)發(fā)展，一個無法被擊斃的特工出現(xiàn)。即便將他打下臺，他也不會死。盡量拖延時間，過一會同伴會炸開墻壁，然后立刻用FORCE跳過去。劇情結束后，沿路前進，消滅路上的敵人到達出口，本關結束。

第9關

又是經典劇情之一，尼歐和催尼締前往營救摩非斯。起初在大廳中出現(xiàn)大量敵人，不過都是些小嘍啰，各位可以盡情?？??？偣矔腥鷶橙嗽鲈?，第三批是四個小BOSS，不過都很容易對付。消滅敵人后即可進入下半部分，在樓頂進行戰(zhàn)斗。特工會多次出現(xiàn)，普通攻擊對他無效，必須將他打到高壓電上或樓下才能殺死。同時，敵人會不斷增援，且有時間限制，這一關難度較大。在消滅一定數(shù)量的敵人后，劇情觸發(fā)，出現(xiàn)30秒倒計時。這時無需理會旁邊的敵人，直奔直升機方向，跑到大樓邊緣時迅速發(fā)動FORCE二段跳跳上飛機。

接下來是最困難的部分：在飛機上用機槍消滅房頂?shù)臄橙耍瑧?zhàn)斗一會后敵人的飛機會出現(xiàn)，此時摩非斯的HP會開始報警。注意這時特工會出現(xiàn)，必須用FORCE射擊才能打死特工，并且不能掃射，否則會誤傷摩非斯。在摩非斯逃跑時，旁邊還會有一個特工出現(xiàn)，需多加注意。擊落敵機后，將樓內的敵人消滅，救出摩非斯后觸發(fā)劇情。劇情結束后，NEO與SMITH對峙，注意他無法被打死，會無限恢復HP。必須像原作中那樣將他打到地鐵軌道上讓地鐵碾壓才行。之后是逃跑，順路一直向下走，走到指定地點本關結束。

第10關

本關開始于一個奇怪的地鐵站，向前走時地鐵會駛來，但需要車票。返回樓梯上會看到空中漂浮著許多閃光物體，按L2可以獲得車票。上車后一直向車尾走，到第三節(jié)車廂時注意不要掉下去。在第四節(jié)車廂看到電話，這時需發(fā)動FORCE才能走過去。通過電話得知要找到正確的門才能離開。回到第二節(jié)車廂，墻上有個開關，按下去就能停車。這時需要調整，反復進入這個車廂，直到車廂是正的為止，然后聽到列車員說話時立刻按下開關，就能找到正確的門。出去后又是一個地鐵站，SIMITH和大量雜兵出現(xiàn)。這時不要專注戰(zhàn)斗，看到火車駛來立即跳上去逃跑，因為雜兵是打不完的。下火車后上樓梯，之后又是一場大逃亡，千萬不要戀戰(zhàn)，順路跑。只有一條路，因此不用擔心迷路。跑到303房間后，劇情發(fā)生，NEO力量覺醒，然后開始痛擊三個特工，完成后本關結束。

第11關

本關開始可以選擇地圖。地圖共有五塊，先到下面最左邊的地圖，任務是保護一個老人。從他家出來后，大批敵人來襲，不過幸運的是我方也有支援?？斓交疖囌緯r會有一個特工出現(xiàn)，不過現(xiàn)在特工對我們來說已經是小菜一碟，盡情虐待他吧。將老人護送上火車后本關結束。

第12關

前往下面右邊的地圖，本關與上一關一樣是保護任務，不過這次需要保護的是一位女士。沒有什么特別之處，把路上的敵人清除后到達目的地即可通關。

第13關

這關同樣需要保護，不過有些難度。被保護的人經常暴露在敵人視線中，因此生命值下降得很快。大家務必快速解決戰(zhàn)斗。

第14關

這一關與其說是保護，不如說是并肩作戰(zhàn)。清理門口的雜兵后觸發(fā)劇情，一個特工被擊飛出去。進去查看發(fā)現(xiàn)是中國人動的手（中國功夫果然厲害 - -!）。進入后要和他打一場，不過很容易獲勝。打完后觸發(fā)劇情，然后協(xié)同他清除雜兵和特工，順利過關。

第15關

這是保護任務中最困難的一關。一開始需要追趕警察，接近頂樓時會出現(xiàn)30秒倒計時，如果在30秒內未到達頂樓，就要與一個特工大戰(zhàn)300回合，勝利后即可過關。

第16關

為了節(jié)省版面，4個救人任務我合在一起寫。首先是救一個老頭（在左下角地圖），老頭被敵人包圍，他要求你阻止敵人的增援。開始時先清理周圍敵人，否則老頭很快會被擊倒。然后跳到敵人進入的門上方，找到一個支架，將其破壞即可堵住門。接著乘電梯前往吊車控制臺，將老頭送到右邊的臺子上。此時敵人會增援，其中一個持有火箭炮。堅持一段時間后觸發(fā)劇情，然后返回控制吊車，摧毀火箭炮敵人的房間。消滅敵人后過關，接著到右下角地圖救老摩和催尼締，只需快速清理敵人，最后特工會駕駛飛機來襲，迅速用地上的火箭炮將飛機擊落即可過關。

前往地圖右上角，消滅路上的雜兵后繼續(xù)前進，找到要救的黑人，幫助他清理敵人后繼續(xù)向里走。再清除一批敵人后，3個特工會出現(xiàn)，他們不算強，好好招待他們。

最后到達左上角地圖救奈奧比，起初只有幾個雜兵，很容易對付，之后3個特工登場，擊敗他們后，他們會再次出現(xiàn)。將這里的敵人和特工全部擊敗后過關，注意敵人會多次增援。

第17關

對陣塞拉夫，這關非常有趣。起初在房間內戰(zhàn)斗，擊敗他一次后，會進入傳統(tǒng)中國武術的"梅花樁"對戰(zhàn)。注意此時只能將他打下去才能對他造成傷害。接著，在電影院再次打敗他后，劇情推進過關。電影院內的戰(zhàn)斗尤其有意思。

第18關

最經典的戰(zhàn)斗是NEO對戰(zhàn)史密斯×N，沒什么特別要說的，盡情發(fā)揮即可，堅持一定時間后就能過關。

第19關

首先進入第一道門，這關設計得相當復雜。我代表廣大玩家對制作者表示不滿，因為這關簡直是在浪費時間。需要在四個空間中找到正確的門：第一個空間中正確的門靠左邊的中間位置；第二個空間的門在入口后面；第三個空間的門要等一個女人幫你打開；第四個空間的門在一個高臺上。注意，從第二個空間開始會有紅色螞蟻來干擾你，只有用火才能消滅它們，但它們似乎會無限增援，所以還是快跑吧。給大家一個小技巧，按方向鍵上尋找門會簡單一些。

第二道門，這關沒有難點，只是敵人相對強大。多使用武器即可通過，最后要打一個BOSS，這個BOSS會瞬間移動，但并不是很強。

第三道門，進入后直接進行BOSS戰(zhàn)。雖然BOSS不算強，但關鍵是要保護一個女人，不能讓她受傷。打到一定程度后，那位女士會來幫你，打敗BOSS后即可過關。

第20關

需要保護一個拿鑰匙的人，路上充滿了史密斯的復制人，要好好保護MR KEY。走到終點后，進入下半部分。在一個教堂里，大量復制人會來攻擊，要撐到MR KEY叫你離開為止。離開后進入一個會議大廳，和干才一樣，持續(xù)戰(zhàn)斗直到他撤退。本關至此結束。

到達第21關后

緊接著便是電影中的最后對決，NEO與史密斯展開單挑。這個對手其實并不強大，所以NEO輕松解決了他。接著，史密斯會變成一個"變形金剛"- -! 盡管他是最后的BOSS，但實際上不值一提。只需一直朝左飛，當屏幕上出現(xiàn)按X鍵的提示時按下X，重復幾次后他就被打敗了，接下來便是結局。