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故事的主角是安東，他在2013年地球遭遇災難之前出生，隨后整個地球被核火焰摧毀（核火焰摧毀是原文，沒有說明是否因為戰(zhàn)爭）。由于安東當時年幼，所以他對核災難的發(fā)生原因和為什么只有在莫斯科地鐵里的大約4萬人幸存下來一無所知。人們在各個地鐵站臺和停車場建立了聚居點。轉眼間20年過去了，大家在地鐵中艱難地生活，一直盼望著能夠重返地面。

二十年過去了，大家想盡辦法改善生活。懂機械的人負責機械工作，懂電子的人則研究電子技術，甚至有人帶回來了一窩小豬崽和小兔崽。雖然日子艱辛，但生活還是能繼續(xù)下去。

隨著時間的推移，人們感到孤獨，于是想方設法為自己創(chuàng)造娛樂，甚至自創(chuàng)幫派。這樣一來，紅軍、納粹、黑市組織等相繼出現(xiàn)，各自形成陣營，每個組織都有自己的信仰和規(guī)矩。

直到某一天，主角所在的聚居地遭到了從未見過的、擁有一定智力的突變生物的有組織攻擊。小聚居地逐漸被摧毀，地鐵各站臺和停車場之間的貿易交流也受到了阻礙，人心惶惶，大家都覺得末日將至。

（游戲開始的部分是倒敘的結局開端，最后再詳細描述。）

某天，安東所在的地鐵站迎來了一位老朋友獵人（獵人是一種新興的高危職業(yè)，負責貿易、勘探、保鏢等工作，并偏向正義事業(yè)）。安東的繼父阿歷克斯是這個小站的負責人，于是通融了一下，讓安東也去見見獵人。獵人表示他是被總部派來調查最近聽聞的一些怪事，順便遞給安東一張從路上的商人手中買來的自由女神舊明信片（安東喜歡收集毀滅前的照片）。他們感嘆著許多小站已經被怪物摧毀，形勢非常危險。沒說幾句，怪物通過通風管道襲來，獵人分析可能是因為醫(yī)院的血腥味引來了它們。安東成功消滅了怪物，獵人稱贊道：“這孩子的槍法真不錯啊”（其實是夸我）。話音剛落，就有人通報安東的繼父……前哨崗全軍覆沒。

獵人認為事態(tài)嚴重，決定立即前往人類聚居地的更邊緣區(qū)域查看情況（安東所在的地方是一個前哨聚居地，用來抵擋普通的突變生物）。臨走時，他給了安東一枚獵人狗牌，并囑咐他如果自己到早上還沒回來，就拿這個去Polis站找他們的頭頭米勒，如實報告情況。Polis是一個由民主主義派占據(jù)的站點，似乎是最繁榮、人口最多的地方。

獵人沒有回來，安東決定去Polis報信，但暫時無法出發(fā)（具體原因不太清楚，推測可能是繼父不支持，或者因為沒有向導不認識路）。

某天，鄰近的一個站點Riga需要守衛(wèi)，安東決定報名，以此尋找機會前往Polis。

安東的申請通過了，尤金通知他準備出發(fā)，并再三叮囑他要帶齊物品（看來安東這孩子經常丟三落四）。臨走時，他見了繼父，繼父照例夸獎他有出息。隨后，安東領取了基本裝備：防毒面具及其過濾器、自制沖鋒槍一把、子彈兩梭子，若干個急救包，還有一把手槍，這是之前守衛(wèi)醫(yī)院時繼父給他的，子彈的剩余量取決于當時他開了多少槍。

滿懷歡喜地坐上手搖車，剛準備出發(fā)，就來了一位想搭順風車的人。接安東的老頭鮑里斯表示：可以，不過你得負責搖車。對方回答：沒問題，我可以的。

路上十分熱鬧，旁邊有成群結隊做生意的，時不時還能看到修繕隧道壁和電力設備的人。直到……守門的人說：原來的那條路塌方了，你們得換一條。

一聽到要換路，鮑里斯立刻感到不安。旁邊兩個人急忙問：怎么了怎么了？鮑里斯支支吾吾地說：沒什么……很普通……就是時間久了……其實我上個月才走過……哎呀，反正我就是不喜歡……（聽這話就知道有問題，但主角單純，劇情還得繼續(xù)發(fā)展下去）。

繼續(xù)前行，看到幾個黑影（暗黑生物的精神攻擊開始了），然后閃過幾個突變生物。三個人開始大聲叫喊（這一點要夸一下主角，他一直沒出聲）。搖車的人說：想要快點，就來幫忙吧。于是尤金也來幫忙，讓安東小心盯著前方。

安東盯著前方，隱約感覺后面幾個人的對話越來越不對勁，回頭一看，發(fā)現(xiàn)全都倒了，他試著搖了搖尤金，也沒反應，接著眼前一黑，自己也失去了意識（這算是那種新型智慧生物首次對安東進行精神攻擊。這種生物的名字大致可以翻譯為暗黑某某，似乎是一種群體智慧生物。精神攻擊通常表現(xiàn)為催眠、魅惑，后面還會有遠程物理攻擊，這里就不多說了）。

為了推動故事發(fā)展，安東先醒過來（這一集沒有解釋原因）醒來后把尤金叫醒，鮑里斯可能因為年紀大了，所以還沒睡夠。搭順風車的那位也年輕，估計是反正早醒早好，還是算了吧。

一群突變生物從車后追來，尤金繼續(xù)搖車，鮑里斯還在睡覺，另一個人在等死，只剩下主角能行動。在前面領槍時，有人對安東說過：這山寨槍的準確度可憐，過熱時如同地獄般，所以大家一般叫它“混蛋槍”。尤金看不下去，騰出手用一把霰彈槍，轟得安東耳鳴（其實這時候我還以為是我自己耳鳴），然后遞給安東讓他用這把（也就是一山寨貨，一次兩發(fā)不說，遠了跟打水槍似的，只見火花不見中彈。此時最好用的槍還是手槍，威力不小，可遠程射擊，裝填快，一次6顆可扛3只，這可是安東他爹給的，雖說不是親爹）。

接著安東掉下車了（安東有掉車的命運，這很常見，就像紫龍有脫衣的宿命一樣），爬起來拼命朝前跑。幸運的是，這里離Riga的哨卡不遠，終于和鮑里斯、尤金成功會合。鮑里斯擊退突變生物后的第一句話就是：老子要喝一壺……

在酒館里，俄羅斯人慣例是要喝伏特加，一次一盅，10秒喝三次。鮑里斯祝賀安東從突變生物中脫困，召集全酒館的人來敬酒，還說要給安東頒勛章……后來一想勛章沒用，就拿出他們的通貨——制式子彈——給安東獎勵（平時用的都是山寨彈，威力有限，制式子彈因威力大且稀少，能體現(xiàn)硬漢特色，所以成了通貨）。錢一擺在桌上，一個妓女走過來，安東才20歲，那時的女人又少見，（我）目不轉睛地盯著看，直到鏡頭轉不動了其實都沒看清楚她長什么樣（環(huán)境太暗，來不及調亮顯示器）。鮑里斯和尤金趁機取笑安東，然后放他自己去找樂子。

出了酒館晃悠了一下，沒找到妓女，卻看到一個小男孩在招手（同樣很可愛很誘人），于是趕緊走過去。小男孩說有個又壯又嚇人的叔叔讓他帶話，讓安東過去聊聊。左邊是天使，右邊是惡魔——點左鍵給小男孩一顆制式子彈，點右鍵什么都不給（這種選擇真的不影響劇情）。

這位叔叔有個引人注目的名字——波旁，他想去Dry，但是Riga的入口被封住了，不確定何時會開放，也不清楚是否還會開放（之前安東、鮑里斯和尤金帶來的突變生物軍隊導致的）。波旁聲稱自己知道一個秘密通道，正好安東有空，于是邀請安東一起探索地下世界。此外，事情辦成后……咳……會送安東一把AK。安東有些猶豫，因為這位叔叔看起來不太像好人，但好奇心和貪婪戰(zhàn)勝了他（主要是我對他的AK感到好奇和渴望），于是答應了。

波旁是個不錯的叔叔，盡管似乎很多人都希望他不在了，但他教會了安東如何在地下世界旅行的基本知識。

1.? 通道中傳出的奇怪聲音其實沒有什么影響，只是用來營造氣氛的。

2.? 小的那種突變生物（在洞中穿梭）是用來埋伏落單行人的。

3.? 不要觸碰那些掛著的罐頭盒子，那是別人設置的報警裝置。

4.? 要注意腳下的陷阱，因為它們常常能一擊致命。

5.? 還有就是……這個世界上依然有強盜存在。

6.? 課間休息，今天的主題是——打擊強盜。