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在觀賞了開頭部分的經(jīng)典刺殺場景后，盡管精彩卻顯得缺乏新意（實在看得太多了），接著進入了一片混沌。周圍出現(xiàn)許多無臉人圍著主角舞動，營造出一種恬靜的小山氛圍。屏幕上充滿了由于腦后插管不穩(wěn)導致的矩陣雪花，左下角不斷閃動操作提示。如果你動作夠快，可以跟著操作學習，懶于動腦的就隨便按幾下。

突然意識到這是一個未來的世界，主角是一名酒吧調(diào)酒師，卻被兩個科學怪人糾纏不休。他們聲稱主角前世是一名刺客，需要從主角的DNA記憶中獲取一段記憶。科學怪人解釋說，DNA不僅包含遺傳信息，還包含記憶信息，這些記憶是從祖先的DNA傳承下來的，與后天記憶無關(guān)。他們舉了許多例子，比如鳥類為何會遷徙，動物為何懂得捕獵，這些都是寫入DNA記憶中的。最后，他們表示需要逐步同步主角與祖先的DNA記憶，才能最終獲取所需記憶。盡管被當作實驗對象讓人無法接受，但科學怪人聲稱不配合的話，他們也能通過其他方式取得記憶。人在屋檐下，無奈之下只好繼續(xù)配合，重新插管。

進入矩陣后，這次從最初開始進行技能培訓，以下是總體說明：

這個游戲的按鍵布局有些奇怪，沒有互動按鍵，也就是說劇情觸發(fā)不需要玩家按鍵確認，只需走到特定地點或遇到特定人物即可觸發(fā)劇情。

ABXY鍵分別對應(yīng)腳、右手、左手和頭部，RT用于奔跑，LT用于鎖定特定人物。這些需要記住，因為所有操作都是“字面意義上”基于此。例如，要爬墻，首先面對墻按RT，然后按A即可。如果要像猴子般攀爬，只需使用LS和RT即可，無需按A，因為攀爬主要依靠手部。理解這一點后，你就能熟悉游戲的操作。

不同情況下，各按鍵會有不同的功能，但都是身體特定部位需要完成的任務(wù)。例如，通常情況下LT用于鎖定，但在特殊情況下，LT用于偷聽。平時B鍵用于用右手撥開路上的行人，但在特定情況下則用于右手偷取物品。

十字鍵的上下左右分別對應(yīng)武器：袖刀、拳頭、飛刀和佩刀。

左上角的長條代表生命值（HP），圖標顯示警戒狀態(tài)。當圖標為白色時，說明沒人注意到你；黃色眼睛表示你已引起懷疑，有人正在觀察你，別做傻事；如果警衛(wèi)在監(jiān)視你，眼睛會變成紅色，顯示你行為可疑，可能會受到攻擊。普通人看到你無所謂，即使你在房頂跳來跳去，他們也只是感嘆“這人干啥？”等。紅色閃爍意味著戰(zhàn)斗開始。綠色和白色閃爍表示你已經(jīng)很好地隱藏起來，敵人無法察覺到你。

LT加B可以抓住敵人，然后用LS將其丟出。

Y鍵是寫輪眼，能看到周圍可以互動的閃光人物，普通人則不會發(fā)光。

爬樓梯時無需按A，只需使用LS，而RT能讓你加快速度。

若想狂奔，按下LS+RT+A即可。如果你從高處往下跳，并且下面是草堆，可以這樣以跳水姿勢跳下。

在過場動畫中，當屏幕出現(xiàn)矩陣雪花時，按下任意鍵會切換到不同角度的攝像機特寫。

戰(zhàn)斗開始后，按鍵功能有所不同，RT用于防守，X用于攻擊。

進行暗殺時，直接按X會攻擊腹部，而按LT+X則會攻擊頸部。

上面已經(jīng)做了統(tǒng)一說明，這里就不再詳細講解操作教程了，按照提示來進行，比如殺掉前面的守衛(wèi)、爬上樓梯、躲進中間的幕帳等。

訓練結(jié)束后，故事跳轉(zhuǎn)到過去，主角與兩個刺客試圖奪取廟中的寶物（此時耶路撒冷的中東人說的英語不好懂，聽著頭疼，而且游戲沒有字幕）。殺掉門口的守衛(wèi)后，主角被同伴責備違反刺客信條，隨意殺戮。在二樓的平臺上看見士兵進入，主角跳下去再次試圖殺掉軍官，卻失敗了。掉到崩塌的墻后，只能先爬墻返回，然后在天臺場景切換到刺客中部所在村莊。