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佐佐木小次郎在劍豪鐘卷自齋的指導下，日以繼夜地進行修煉。鐘卷自齋為了熟練掌握一尺五寸的小太刀，讓小次郎作為練習對象，手持三尺多的大太刀與他對戰(zhàn)。在這樣的訓練中，小次郎不知不覺間成為了大太刀的名家，并成長為連師傅都感到驚訝的劍士。

小次郎不僅學習了師傅的劍術，還逐漸萌生了創(chuàng)立自己劍法的想法。在游戲開始時，佐佐木小次郎被鐘卷自齋授予鐘卷流的印可，并獲得了長達93公分的大太刀“物干竿”。來到長濱之町（或者其他任何京之外的城鎮(zhèn)），向村民打聽附近有名的劍豪，得知以下信息：

曾為足利將軍家擔任兵法指南役的吉岡憲法一門?，F(xiàn)任師范是吉岡清十郎，而他的弟弟傳七郎據(jù)說更為強大。此外，還有柳生新銀流的柳生石舟齋，他的兒子柳生宗矩以及孫子柳生利嚴；

一刀流的伊藤一刀齋及其弟子小野忠明；

在談及以上三家之后，浪人突然提到“還有一個人”，令佐佐木小次郎感到驚訝，更讓他驚訝的是浪人說“正是在下”。

在兩人交流時，互相報上了姓名，得知這個浪人名叫宮本武藏。武藏離開后，小次郎決定前往京之町尋找吉岡一門。在京町中打聽吉岡道場的位置時，路人誤以為小次郎是來踢館的，小次郎輕松地表示：“這樣的挑戰(zhàn)對我來說，未免太簡單了?！比欢@番話被路過的吉岡道場的師范代聽見了，經過一番口舌之爭后，兩人開始交手。區(qū)區(qū)一個師范代自然不是小次郎的對手，正當小次郎戲謔戰(zhàn)敗的師范代時，吉岡傳七郎出現(xiàn)了。本以為會有一場大戰(zhàn)，沒想到傳七郎卻因門下弟子的無禮向小次郎道歉，并邀請小次郎去道場休息。來到道場后，小次郎與傳七郎按照街頭約定比試，毫無懸念地獲勝。小次郎心中認為傳七郎不是自己的對手，傳七郎則告訴小次郎，他的哥哥清十郎應該與小次郎旗鼓相當，于是小次郎準備見見清十郎。不久之后，他發(fā)現(xiàn)清十郎在與宮本武藏比試中失敗，重傷不治而亡。悲憤的傳七郎請求小次郎幫他作為見證人，將挑戰(zhàn)書交給武藏，小次郎自然答應。出町后，他在另一個城鎮(zhèn)遇到了武藏，把挑戰(zhàn)書交給武藏后便返回京町。

進入吉岡道場后，目睹武藏擊敗了吉岡一門，小次郎決心擊敗武藏，并前往江戶城尋找劍豪。在江戶城，他得知德川家的兵法指南役小野忠明實力強大，于是上門挑戰(zhàn)。由于兵法指南役不能與其他流派比武，小次郎只得用激將法逼迫忠明出手。小野忠明在請小次郎保密此事后，終于肯出手。擊敗小野忠明后，小野認為小次郎的劍術過于混沌鋒利，真正強大的劍術應是「無我之劍」。小次郎認為敗者之言不足采信，在答應保密后奚落了小野忠明一番，揚長而去。之后，小次郎開始了自己的修行，所謂修行就是不斷地挑戰(zhàn)對手，一個巧妙的辦法是在酒館接助陣的任務，然后按常規(guī)作戰(zhàn)，一次便能勝五場。連勝達到11場后，在任意城鎮(zhèn)可能會遭遇流氓搶奪物干竿的事件。小次郎因武藏在旁觀戰(zhàn)，便用自創(chuàng)的秘技「燕返」擊敗對手，并同時向武藏下了戰(zhàn)書，自創(chuàng)了「嚴流」。之后可以繼續(xù)挑戰(zhàn)對手，如果對與武藏的戰(zhàn)斗沒有信心，可以在六月參加京舉行的天覽武會，有了好的裝備便無所畏懼。18連勝后，在城鎮(zhèn)中遇到細川忠興，他邀請小次郎加入細川家，小次郎提出擔任家老的要求，細川忠興欣然同意。

然而，擔任家老并非易事，忠興要求小次郎擊敗宮本武藏以證明自己的實力，并為兩人安排了決斗地點——舟島。

小次郎前往赤間關之町，在旅店恢復體力后出發(fā)，與宮本的宿命對決開始！

擊敗宮本武藏后，小次郎獲得了秘技「二刀流」。

當出現(xiàn)選擇時，可以選擇成為細川家的家臣或拒絕。如果同意加入，則會成為細川的家老（年僅14歲）。接下來，劇情便不再繼續(xù)。

若選擇拒絕，則回到自己的住所，感到一陣迷茫。突然間，注意到地板上有一個包裹，那是武藏留給小次郎的，其中還有一封信：

致佐佐木小次郎

如果你此時正在閱讀這封信，意味著我已經敗給你了。也無可奈何，閣下確實很強。然而，單單追求最強并非劍道的本質。我嘗試將多年來的修行心得寫成一本書，名為《五輪書》。若你不介意這是敗者的感悟，希望你能閱讀此書，它對你一定會有所幫助。閣下是我最畏懼的對手，同時也是最好的朋友和師父。希望通過這本書，你能精進劍術，更好地修煉人生。

宮本武藏

接下來可以選擇繼續(xù)游戲或觀看小次郎的結局。繼續(xù)游戲的話，劇情不會有太大變化，所以可以選擇觀看結局。

小次郎在晚年時回到肥后國，成為細川忠利的兵法指導。他在熊本城外獲得了一座道館，并將武藏的《五輪書》傳承給后人。

宮本武藏與佐佐木小次郎，這兩位杰出的劍豪所發(fā)展的新流派，造就了在近代劍道史上聲名顯赫的劍客們，開啟了一個盛世。